WordPressのデータはサブディレクトリに入れて、サイトへのアクセスはルートで開くという事が出来ると説明に書いてあります。
その通り設定したところ、確かに表示は問題ありません。しかし、リンクをクリックしているといつの間にかWordPressを入れたディレクトリに移動している事があります。
原因は、site_urlとhome_urlの違いではないかと。説明によると、
site_urlは、「WordPress アドレス (URL)」
☞WordPressがインストールされている場所
home_urlは、「サイトアドレス (URL)」
☞サイトにアクセスするためのアドレス
紛らわしいですが、リンクで使用するのにsite_urlは良くないと思います。早速検索すると、

header.php(66,49):
<h1><a href=”<?php echo site_url(‘/’); ?>” class=”logo” title=”<?php echo $logo_alt; ?>”><?php bloginfo( ‘name’ ); ?></a></h1>

searchform.php(1,78):
<form role=”search” method=”get” id=”searchform” action=”<?php echo esc_url( site_url( ‘/’ ) ); ?>” >

admin\theme-options.php(8,29):
//define(‘NHP_OPTIONS_URL’, site_url(‘path the options folder’));

admin\options\options.php(13,29):
define(‘NHP_OPTIONS_URL’, site_url(str_replace( $fslashed_abs, ”, $fslashed_dir )));

admin\options\options.php(759,266):
echo ‘<p><a href=”javascript:void(0);” id=”nhp-opts-export-code-copy” class=”button-secondary”>Copy</a> <a href=”‘.add_query_arg(array(‘feed’ => ‘nhpopts-‘.$this->args[‘opt_name’], ‘action’ => ‘download_options’, ‘secret’ => md5(AUTH_KEY.SECURE_AUTH_KEY)), site_url()).'” id=”nhp-opts-export-code-dl” class=”button-primary”>Download</a> <a href=”javascript:void(0);” id=”nhp-opts-export-link” class=”button-secondary”>Copy Link</a></p>’;

admin\options\options.php(764,204):
echo ‘<input type=”text” class=”large-text” id=”nhp-opts-export-link-value” value=”‘.add_query_arg(array(‘feed’ => ‘nhpopts-‘.$this->args[‘opt_name’], ‘secret’ => md5(AUTH_KEY.SECURE_AUTH_KEY)), site_url()).'” />’;

の６か所ありました。
header.php(66,49):　タイトルのクリック→[修正]
searchform.php(1,78):　検索窓→[修正]
のみで、あとは良くわかっていないのでそのままとしました。